Microbiome and virome on indoor surfaces of an Antarctic research ship

BACKGROUND Few studies have focused on microbial diversity in indoor environments of ships, as well as the role of the microbiome and its ecological interconnections. In this study, we investigated the microbiome and virome present on the internal surfaces of a polar ship in different stages (beginning, during, and at the end) of the Brazilian Antarctic expedition in order to evaluate abundance of microorganisms in different periods. OBJECTIVES AND METHODS We used shotgun metagenomic analysis on pooled samples from sampling surfaces in the ship's interior to track the microbial diversity. FINDINGS Considering the total fraction of the microbiome, the relative abundance of bacteria, eukaryotes, viruses, and archaea was 83.7%, 16.2%, 0.04%, and 0.002%, respectively. Proteobacteria was the most abundant bacterial phyla, followed by Firmicutes, Actinobacteria, and Bacteroidetes. Concerning the virome, the greatest richness of viral species was identified during the middle of the trip, including ten viral families after de novo assembly: Autographiviridae, Chrysoviridae, Genomoviridae, Herelleviridae, Myoviridae, Partitiviridae, Podoviridae, Potyviridae, Siphoviridae, and Virgaviridae. MAIN CONCLUSIONS This study contributed to the knowledge of microbial diversity in naval transportation facilities, and variations in the abundance of microorganisms probably occurred due to factors such as the number of passengers and activities on the ship.

Historical geographic overlap of human rickettsiosis with animal reservoirs in Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil / Sobreposição geográfica histórica da riquetsiose humana com reservatórios animais em Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil

Background and objectives: we investigated the existence of a historical geographic overlap between the location of spotted fever group rickettsiosis human cases, a disease caused by the gram-negative bacterium Rickettsia sp., and that of mammalian reservoirs, specifically domestic horses and capybaras, in the urban perimeter of the city of Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil. Methods: cases of human rickettsiosis that occurred during a period of 17 years (2003-2020) were geolocated and the distribution of cases in time and geographic space was assessed using 1st and 2nd order geospatial association indicators. We also analyzed the overlap between the locations of human rickettsiosis cases and the area of occurrence of domestic horses and capybaras. Results: men were diagnosed more often than women, but a large proportion of affected women died. The results indicate an aggregation of human rickettsiosis cases in time (cases tend to occur close to each other at each epidemic event) and in geographic space (cases are concentrated in a specific geographic region of the urban perimeter). Human cases seem to be more associated with city regions with: i) higher local frequency of domestic horses and not capybaras; ii) lower rates of family development. Conclusion: it is suggested that, in the local epidemiological scenario, domestic horses appear to be the main sources of the rickettsia infecting humans, not capybaras.(AU)

Justificativa e objetivos: foi investigada a existência de uma sobreposição geográfica histórica entre a localização dos casos de riquetsiose humana do grupo da febre maculosa, um grupo de doenças causadas pela bactéria Gram-negativa Rickettsia sp., e dos reservatórios mamíferos, especificamente cavalos domésticos e capivaras, no perímetro urbano do município de Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil. Métodos: foram geolocalizados os casos de riquetsiose humana ocorridos durante um período de 17 anos (2003-2020), sendo avaliada a distribuição dos casos no tempo e espaço geográfico através de indicadores de associação geoespacial de 1a e 2a ordem. Também analisamos a superposição dos locais dos casos de riquetsiose humana com a área de ocorrência de cavalos domésticos e capivaras. Resultados: homens foram diagnosticados mais frequentemente que as mulheres, mas grande proporção das mulheres acometidas faleceu. Os resultados indicam uma agregação dos casos de riquetsiose humana no tempo (os casos tendem a ocorrer próximos entre si a cada evento epidêmico) e no espaço geográfico (os casos se concentram em uma região geográfica específica do perímetro urbano). Os casos humanos aparentam ser mais associados às regiões da cidade com: i) maior frequência local de cavalos domésticos e não das capivaras; ii) menores índices de desenvolvimento familiar. Conclusão: sugere-se que, no cenário epidemiológico local, são os cavalos domésticos que aparentam ser as principais fontes da riquétsia infectando os humanos, não as capivaras.(AU)

Justificación y objetivos: investigamos la existencia de una superposición geográfica histórica entre la localización de casos de rickettsiosis exantemáticas humana, enfermedad causada por la bacteria gramnegativa Rickettsia sp., y la de mamíferos reservorios, específicamente caballos domésticos y capibaras, en el perímetro urbano de la ciudad de Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil. Métodos: se geolocalizaron los casos de rickettsiosis humana ocurridos durante un período de 17 años (2003-2020), y se evaluó la distribución de casos en el tiempo y espacio geográfico utilizando indicadores de asociación geoespacial de 1er y 2do orden. También analizamos la superposición entre las ubicaciones de los casos de rickettsiosis humana y el área de ocurrencia de los caballos domésticos y capibaras. Resultados: los hombres fueron diagnosticados con más frecuencia que las mujeres, pero una gran proporción de mujeres afectadas fallecieron. Los resultados indican una agregación de casos de rickettsiosis humana en el tiempo (los casos tienden a ocurrir cerca uno del otro en cada evento epidémico) y en el espacio geográfico (los casos se concentran en una región geográfica específica del perímetro urbano). Los casos humanos parecen estar más asociados con regiones urbanas con: i) mayor frecuencia local de caballos domésticos y no de capibaras; ii) menores tasas de desarrollo familiar. Conclusión: se sugiere que, en el escenario epidemiológico local, los caballos domésticos parecen ser las principales fuentes de la rickettsia que infecta a los humanos, no los capibaras.(AU)

Chagas disease in the context of the 2030 agenda: global warming and vectors

The 2030 Agenda for Sustainable Development is a plan of action for people, planet and prosperity. Thousands of years and centuries of colonisation have passed the precarious housing conditions, food insecurity, lack of sanitation, the limitation of surveillance, health care programs and climate change. Chagas disease continues to be a public health problem. The control programs have been successful in many countries in reducing transmission by T. cruzi; but the results have been variable. WHO makes recommendations for prevention and control with the aim of eliminating Chagas disease as a public health problem. Climate change, deforestation, migration, urbanisation, sylvatic vectors and oral transmission require integrating the economic, social, and environmental dimensions of sustainable development, as well as the links within and between objectives and sectors. While the environment scenarios change around the world, native vector species pose a significant public health threat. The man-made atmosphere change is related to the increase of triatomines' dispersal range, or an increase of the mobility of the vectors from their sylvatic environment to man-made constructions, or humans getting into sylvatic scenarios, leading to an increase of Chagas disease infection. Innovations with the communities and collaborations among municipalities, International cooperation agencies, local governmental agencies, academic partners, developmental agencies, or environmental institutions may present promising solutions, but sustained partnerships, long-term commitment, and strong regional leadership are required. A new world has just opened up for the renewal of surveillance practices, but the lessons learned in the past should be the basis for solutions in the future.

Syphacia sp. (Nematoda: Oxyuridae) in coprolites of Kerodon rupestris Wied, 1820 (Rodentia: Caviidae) from 5,300 years BP in northeastern Brazil

We present the results of paleoparasitological analyses in coprolites of Kerodon rupestris, rodent endemic to rocky areas of Brazil's semiarid region. The coprolites were collected from excavations at the archaeological site of Toca dos Coqueiros, in the National Park of Serra da Capivara, southeastern of state of Piauí. Syphacia sp. (Nematoda: Oxyuridae) eggs were identified in coprolites dated at 5,300 ± 50 years before present. This is the first record of the genus Syphacia in rodent coprolites in the Americas.

Trichuris sp. from 1,040 +/- 50-year-old Cervidae coprolites from the archaeological site Furna do Estrago, Pernambuco, Brazil

We present results of the paleoparasitological analysis of Cervidae coprolites that were recovered from the archaeological site Furna do Estrago, Pernambuco, Brazil. Trichuris sp. eggs were recovered from the coprolite samples dated 1,040 ± 50 years before present. This is the first record of Trichuris sp. in semiarid Cervidae, unexpectedly recorded in archaeological material.

Degradation and detoxification of three textile Azo dyes by mixed fungal cultures from semi-arid region of Brazilian Northeast

The aim of this work was to study the degradation and detoxification of three textile azo dyes (Reactive Red 198, Reactive Red 141 and Reactive Blue 214) by mixed fungal cultures from semi-arid region of Brazilian Northeast. Sediment samples of twenty water reservoirs in the surroundings of Serra da Capivara National Park, area of environmental preservation in the caatinga in the State of Piauí, with semi-arid climate, were evaluated in order to select the consortia of fungi capable to degrade and detoxify these dyes. The mixed fungal culture from Caldeirão Escuridão (CE) reservoir was the most efficient in the degradation and detoxification of the dyes tested.

Diversidade de helmintos intestinais em mamíferos silvestres e domésticos na Caatinga do Parque Nacional Serra da Capivara, Sudeste do Piauí, Brasil / Diversity of wild and domestic mammal's intestinal helminths from the Caatinga of the Parque Nacional Serra da Capivara, Southeast of Piauí, Brazil

Estudos sobre biodiversidade permitem avaliações ecossistêmicas e monitoramentos de impactos e mudanças ambientais. A diversidade parasitária pode refletir o processo coevolutivo entre parasitos e hospedeiros, e mudanças ambientais que permitem a perda, ganho ou a manutenção das espécies nesse processo. O presente trabalho utilizou espécies/morfotipos de ovos de helmintos encontrados em fezes de sete mamíferos silvestres (os grupos Dasypodidae e grandes felinos, e as espécies: Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) e dois domésticos (Canis familiaris e Sus scrofa), que cohabitam o Parque Nacional Serra da Capivara (PNSC) e seu entorno, para analisar a diversidade dos helmintos intestinais desses mamíferos. Neste trabalho, utilizou-se achados da fauna helmintológica de mamíferos silvestres e domésticos, para avaliar um possível fluxo de helmintos entre estes dois grupos hospedeiros usando Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dos hospedeiros com base na composição de suas faunas helmintológicas. Os resultados indicam que a região do PNSC, ainda mantém condições ambientais que ainda propiciam a manutenção da composição da fauna de helmintos de mamíferos silvestres, diferente da encontrada nos animais domésticos.

Biodiversity studies allow ecosystem assessment and monitoring of environmental changes and impacts. Parasite diversity could reflect the host/ parasite coevolutionary process and the environment changes that permit the loss, gain or maintenance of species. This survey used species/morphotypes of helminths eggs found in feces from seven wild mammal species (the groups Dasypodidae and Large Cats, and Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) and from two domestic species (Canis familiaris and Sus scrofa), which occur within the Serra da Capivara National Park (PNSC) and surrounding areas in order to analise the diversity of mammal intestinal helminths. This work used the helminthological fauna findings of wild and domestic mammals, to consider a possible helminth flux between these two host groups using Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) of the hosts based on helminthological fauna composition. The results indicate that the region of the PNSC still maintains environmental conditions that still keep wild mammal helminthological fauna composition different from the one found for domestic mammals.

Animal helminths in human archaeological remains: a review of zoonoses in the past: [revision] / Helmintos animais em vestígios arqueológicos humanos: revisão de zoonoses no passado: [revisão]

The authors present a review of records of intestinal parasitic helminths from animals in human archaeological remains, reported since the emergence of paleopathological studies. The objective was to relate paleoparasitological findings to geographic, biotic, and abiotic factors from the environment in which the prehistoric populations lived, and understand some aspects related to the process of human dispersion and biological and cultural evolution. Modification of eating habits and the incorporation of new cultural practices are analyzed from the perspective of zoonoses from prehistory to the present day, especially in Brazilian indigenous populations. Three tables identifying the helminths, their natural hosts, dates, and sites of archaeological findings complete this review. In conclusion, various zoonoses known today have occurred since antiquity, and these data, combined with studies on the emergence and reemergence of diseases, could make possible to compose scenarios for the future.

São revistos os registros de ocorrência de helmintos intestinais parasitos de animais em vestígios arqueológicos humanos, relatados desde o surgimento dos estudos paleopatológicos. Busca-se relacionar os achados em paleoparasitologia com fatores geográficos, bióticos e abióticos do ambiente em que as populações pré-históricas viviam, e com aspectos do processo de dispersão e evolução biológica e cultural humana. A modificação de hábitos alimentares e a incorporação de novas práticas culturais são analisadas sob o ponto de vista das zoonoses desde a pré-história até a atualidade, em especial em populações indígenas brasileiras. Três tabelas identificando os helmintos, seus hospedeiros naturais, datações e local dos achados arqueológicos complementam esta revisão. Conclui-se que várias zoonoses conhecidas hoje ocorrem desde a antiguidade e que estes dados, combinados a estudos de emergência e reemergência de doenças, podem auxiliar a compor cenários para o futuro.

Diversidade de helmintos intestinais em mamíferos silvestres e domésticos na Caatinga do Parque Nacional Serra da Capivara, Sudeste do Piauí, Brasil

Biodiversity studies allow ecosystem assessment and monitoring of environmental changes and impacts. Parasite diversity could reflect the host/ parasite coevolutionary process and the environment changes that permit the loss, gain or maintenance of species. This survey used species/morphotypes of helminths eggs found in feces from seven wild mammal species (the groups Dasypodidae and Large Cats, and Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) and from two domestic species (Canis familiaris and Sus scrofa), which occur within the Serra da Capivara National Park (PNSC) and surrounding areas in order to analise the diversity of mammal intestinal helminths. This work used the helminthological fauna findings of wild and domestic mammals, to consider a possible helminth flux between these two host groups using Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) of the hosts based on helminthological fauna composition. The results indicate that the region of the PNSC still maintains environmental conditions that still keep wild mammal helminthological fauna composition different from the one found for domestic mammals.

Estudos sobre biodiversidade permitem avaliações ecossistêmicas e monitoramentos de impactos e mudanças ambientais. A diversidade parasitária pode refletir o processo coevolutivo entre parasitos e hospedeiros, e mudanças ambientais que permitem a perda, ganho ou a manutenção das espécies nesse processo. O presente trabalho utilizou espécies/morfotipos de ovos de helmintos encontrados em fezes de sete mamíferos silvestres (os grupos Dasypodidae e grandes felinos, e as espécies: Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) e dois domésticos (Canis familiaris e Sus scrofa), que cohabitam o Parque Nacional Serra da Capivara (PNSC) e seu entorno, para analisar a diversidade dos helmintos intestinais desses mamíferos. Neste trabalho, utilizou-se achados da fauna helmintológica de mamíferos silvestres e domésticos, para avaliar um possível fluxo de helmintos entre estes dois grupos hospedeiros usando Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dos hospedeiros com base na composição de suas faunas helmintológicas. Os resultados indicam que a região do PNSC, ainda mantém condições ambientais que ainda propiciam a manutenção da composição da fauna de helmintos de mamíferos silvestres, diferente da encontrada nos animais domésticos.

Diversidade de helmintos intestinais em mamíferos silvestres e domésticos na Caatinga do Parque Nacional Serra da Capivara, Sudeste do Piauí, Brasil / Diversity of wild and domestic mammal’s intestinal helminths from the Caatinga of the Parque Nacional Serra da Capivara, Southeast of Piauí, Brazil

Estudos sobre biodiversidade permitem avaliações ecossistêmicas e monitoramentos de impactos e mudanças ambientais. A diversidade parasitária pode refletir o processo coevolutivo entre parasitos e hospedeiros, e mudanças ambientais que permitem a perda, ganho ou a manutenção das espécies nesse processo. O presente trabalho utilizou espécies/morfotipos de ovos de helmintos encontrados em fezes de sete mamíferos silvestres (os grupos Dasypodidae e grandes felinos, e as espécies: Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) e dois domésticos (Canis familiaris e Sus scrofa), que cohabitam o Parque Nacional Serra da Capivara (PNSC) e seu entorno, para analisar a diversidade dos helmintos intestinais desses mamíferos. Neste trabalho, utilizou-se achados da fauna helmintológica de mamíferos silvestres e domésticos, para avaliar um possível luxo de helmintos entre estes dois grupos hospedeiros usando Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dos hospedeiros com base na composição de suas faunas helmintológicas. Os resultados indicam que a região do PNSC, ainda mantém condições ambientais que ainda propiciam a manutenção da composição da fauna de helmintos de mamíferos silvestres, diferente da encontrada nos animais domésticos.

Biodiversity studies allow ecosystem assessment and monitoring of environmental changes and impacts. Parasite diversity could relect the host/ parasite coevolutionary process and the environment changes that permit the loss, gain or maintenance of species. his survey used species/morphotypes of helminths eggs found in feces from seven wild mammal species (the groups Dasypodidae and Large Cats, and Tamandua tetradactyla, Cebus apella, Alouatta caraya, Cerdocyon thous, Pecari tajacu) and from two domestic species (Canis familiaris and Sus scrofa), which occur within the Serra da Capivara National Park (PNSC) and surrounding areas in order to analise the diversity of mammal intestinal helminths. his work used the helminthological fauna indings of wild and domestic mammals, to consider a possible helminth lux between these two host groups using Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) of the hosts based on helminthological fauna composition. he results indicate that the region of the PNSC still maintains environmental conditions that still keep wild mammal helminthological fauna composition diferent from the one found for domestic mammals.

Terrestrial mammal feces: a morphometric summary and description

The study of feces of terrestrial mammals brings out biological and ecological data such as the species presence, diet, behaviour, territory, parasitic fauna, and home-range use, which can be applied for conservation projects and support paleoecological research that use coprolites as the main source of study. Although the new biotechnological techniques allow more accurate data, the diagnosis based on morphometric analyses permits the primary identification of the taxonomic group origin to support the best choice of subsequent analyses. We present the compilation list of fecal shape and measurements available in the literature published in North America, Eastern and Southern Africa, Europe, and new data from Brazil. Shape and diameters are the best characteristics for taxonomic identification. Feces were assembled in 9 groups that reflect the Order, sometimes the Family, and even their common origin

Mudanças globais e desenvolvimento: importância para a saúde / Global changes and development: health importance

Neste artigo busca-se inventariar o estado atual das inter-relações entre mudanças ambientais globais e saúde, incluindo uma revisão do estado atual das ameaças de origem antrópica sobre a biodiversidade, trazendo o enfoque ecossitêmico como linha de pesquisa para a melhoria da qualidade de vida. Os processos de mudanças ambientais globais afetam a saúde humana, direta ou indiretamente, pontual ou regionalmente. Alterações na química da atmosfera, mudanças climáticas, degradação do solo, perda da biodiversidade, urbanização e grandes empreendimentos, escassez de água e poluições químicas de âmbito global podem ter consequências severas para o bem-estar humano, saúde e sobrevivência. A importância dessas mudanças para a saúde humana dependerá de quanto as populações são ou podem ser afetadas no futuro, do grau e amplitude dos impactos e das adaptações biológicas e das formas de mitigação e controle disponíveis. Vários programas têm sido desenvolvidos em todo o mundo, mas é preciso avançar em modelos conceituais, incluir as questões das mudanças ambientais globais na agenda científica e institucional brasileira, buscar modelos de desenvolvimento sustentável, criar mecanismos que interropam a perda da biodiversidade, minimizar o uso de poluentes e sensibilizar as pessoas para o possível esgotamento dos recursos naturais renováveis

In this article we intended to survey the current state of relationships between global environmental changes and health. It includes a revision of the current state of threats of anthropic origin on biodiversity, bringing an ecosystem approach as a field of research for the improvement of quality of life. Global environmental changes affect human health directly or indirectly, locally or regionally. Alterations in the chemistry of the atmosphere, climate changes, soil degradation, loss of biodiversity, urbanization and major development sites, shortage of water and chemical pollutants constitute driving forces that can have severe consequences for human well-being and health as well as, its survival. The importance of these changes for human health will depend on how populations may be affected in the future, the severity and magnitude of the impact, the possibility of biological adaptations, and the availability of strategies to mitigate and control. Several programs have been developed around the world. However, the Brazilian scientific and institutional agenda needs to move forward in conceptual models that include aspects related to global environmental changes, searching for models of sustainable development, and creating mechanisms that interrupt the loss of biodiversity, minimize the use of pollutants, establish awareness programs concerning the exhaustion of renewable natural resources.

Encontro de ovos de ancilostomídeos em coprólitos humanos datados de 7320 +/- 80 anos, no Estado do Piauí, Brazil / The findings of eggs of ancylostomas in human coprolites dated from 7320 +/- 80 years, in the State of Piauí, Brazil

Refere-se ao encontro de ancilostomídeos em coprólitos humanos, coletados em uma camada de ocupaçäo datada de 7230 +/- 80 anos, do sítio arqueológico do Boqueiräo do Sítio da Pedra Furada, no município de Säo Raimundo Nonato, Estado do Piauí.

A ocupaçäo do espaço: da pré-história aos dias atuais / Peopling: from prehistory to present times

Estuda a origem e evoluçäo das doenças no homem, desde os primórdios de sua história, como fundamentos para o entendimento da situaçäo atual. Aborda a ligaçäo do homem da pré-história com o homem atual, através da reconstruçäo do seu passado, com base em dados da arqueologia, paleopatologia e paleoparasitologia.(MINO)